Muhammadiyah didirikan di Yogyakarta oleh K.H. Ahmad Dahlan pada 8 Dzulhijjah 1330 Hijriyah bertepatan dengan 18 November 1912 Miladiyah. Perkataan “Muhammadiyah” dinisbahkan kepada nama Muhammad, Nabi, dan Rasul akhir zaman. Penisbahan itu dimaksudkan guna mengikuti jejak perjuangan Rasulullah untuk kemudian melanjutkan risalah dakwahnya dalam kehidupan umat manusia, khususnya di Tanah Air Indonesia. Karenanya Muhammadiyah sebagaimana dirumuskan dalam Anggaran Dasar hasil muktamar ke-41 tahun 1985 menyatakan jati dirinya sebagai Gerakan Islam dan Dakwah Amar Makruf Nahi Munkar, beraqidah Islam bersumber pada Al-Quran dan Sunnah.

Pada awal berdirinya Muhammadiyah merumuskan tujuan, yaitu menyebarluaskan pengajaran Nabi Muhammad SAW. Kepada penduduk bumiputera di Yogyakarta serta memajukan agama Islam kepada anggota-anggotanya. Sesuai dengan perkembangan Muhammadiyah yang menyebar ke luar Yogyakarta bahkan ke luar Pulau Jawa, rumusan tujuan Muhammadiyah yang mengalami beberapa kali perubahan redaksional pada tahun 1959, yakni hasil Muktamar ke-34, tujuan Muhammadiyah dirumuskan sebagai berikut: “Maksud dan tujuan Muhammadiyah ialah menegakkan dan menjunjung tinggi agama Islam sehingga terwujud masyarakat Islam yang sebenar-benarnya”. Pada muktamar ke-41 tahun 1984 di Surakarta, tujuan Muhammadiyah mengalami perubahan redaksional kembali, yang lengkapnya dirumuskan sebagai berikut: “Maksud dan tujuan persyarikatan ialah menegakkan dan menjunjung tinggi Agama Islam sehingga terwujud masyarakat utama, adil, dan makmur yang diridhai Allah SWT.”

K.H. Ahmad Dahlan mendirikan Muhammadiyah didorong oleh paham tentang Islam yang dipelajari, dihayati, dipahami, dan diamalkannya, yang oleh K.H. A.R. Fakhruddin dikatakan sebagai Islam yang bergerak dan menggerakan kehidupan. K.H. Ahmad Dahlan dikatakan oleh para ahli sebagai pencari kebenaran sejati, yang selalu gelisah menyaksikan keadaan disekitarnya yang dipandangnya tidak sesuai dengan jiwa ajaran Islam. Kondisi objektif umat Islam saat itu berada dalam keterbelakangan, kebodohan, dan kemiskinan, termasuk dalam kehidupan keagamaan. Sedangkan bangsa Indonesia berada dalam cengkeraman penjajahan. Kondisi objektif itu semakin memberikan dorongan bagi K.H. Ahmad Dahlan untuk melakukan perubahan atas keadaan yang buruk itu. Dengan menengok pada khasanah gerakan pembaharuan di dunia Islam, K.H. Ahmad Dahlan kemudian mewujudkan dorongan itu ke dalam cita-cita membangun sebuah gerakan Islam yang mampu memperbaharui kehidupan umat dan masyarakat. Dengan didorong oleh sementara koleganya, maka K.H. Ahmad Dahlan kemudian mendirikan Muhammadiyah.

Kelahiran dan kehadiran Muhammadiyah dalam sejarah umat Islam maupun bangsa Indonesia dibelakang hari diakui telah memberikan sumbangan yang sangat berharga. Muhammadiyah telah mempersegar paham keagamaan di lingkungan umat Islam sehingga mampu mendobrak kebekuan dan menawarkan tajdid atau pembaharuan yang dilakukan Muhammadiyah melalui pembaharuan di bidang pendidikan Islam, dengan memperkenalkan sistem pendidikan modern. Gerakan pembaharuan juga diwujudkan ke dalam kegiatan sosial kemasyarakatan. Dengan  semangat keagamaan Muhammadiyah melakukan advokasi sosial dengan pengentasan keterbelakangan umat, sehingga para ahli menyatakan bahwa Muhammadiyah melalui gerakan pembaharuannya telah berhasil membangun generasi terpelajar muslim yang mampu menghadapi zaman baru dengan kepribadian yang kokoh, sekaligus membangun masyarakat baru yang bercorak kekotaan. Pada titik ini Muhammadiyah dinilai sebagai suatu gerakan kebudayaan yang mampu melakukan perubahan di lingkungan umat maupun masyarakat yang berskala jangka panjang, untuk membedakannya dari gerakan politik seperti yang ditempuh oleh Syarikat Islam.

Dengan gerakan pembaharuan itu, maka amalan Muhammadiyah dapat dikategorikan ke dalam empat kelompok, yakni (1) membersihkan Islam di Indonesia dari pengaruh dan kebiasaan bukan Islam; (2) reformulasi doktrin Islam dengan pandangan alam pikiran modern; (3) reformulasi ajaran dan pendidikan Islam; dan, (4) mempertahankan Islam dari pengaruh dan serangan dari luar. Karenanya, Muhammadiyah kemudian dikenal sebagai gerakan tajdid atau gerakan pembaharuan. 

Dengan watak dasar dari kesejarahan yang dilaluinya, Muhammadiyah sebagai gerakan Islam kemudian merumuskan atau mendefinisikan dirinya sebagai “gerakan Islam dan Dakwah Amar Ma’ruf Nahi Munkar, beraqidah Islam dan bersumber pada Al-Quran dan Sunnah, bercita-cita dan bekerja untuk terwujudnya masyarakat utama, adil, dan makmur yang diridhoi Allah SWT., guna melaksanakan fungsi dan misi manusia sebagai hamba dan khalifah Allah di muka bumi”. Rumusan pendirian Muhammadiyah ini merupakan pernyataan diri dalam upaya  mengembangkan gerakan di tengah tantangan jaman, gerakan Muhammadiyah sejak awal kelahiran sampai perkembangannya dikemudian hari tentu tidak sesederhana sebagai pernyataan jatidiri Muhammadiyah secara verbal itu.

Muhammadiyah berkeyakinan bahwa Islam adalah agama Allah yang diwahyukan kepada para rasul-Nya sejak Nabi Adam sampai Nabi terakhir Muhammad SAW., merupakan hidayah dan rahmat bagi seluruh umat manusia sepanjang masa dan menjamin kesejahteraan hidup material dan spiritual, duniawi dan ukhrowi.

Islam yang diwahyukan kepada Nabi Muhammad SAW, dan tercantum dalam Al-Quran dan Sunnah yang shahih sebagai mata rantai dari ajaran Islam yang diwahyukan kepada Rasul-Rasul Allah sebelumnya adalah agama Allah yang terakhir dan paripurna (Q.S. Al-Maidah:3) serta diridloi Allah (Q.S. Ali Imran:19) yang berisi perintah-perintah, larangan-larangan dan petunjuk-petunjuk bagi umat manusia untuk keselamatan hidup di dunia dan akhirat, sebagai agama Allah yang haq (Q.S. Al-Araf:158).

Muhammadiyah dalam mengamalkan Islam mendasarkan diri pada Al-Quran dan Sunnah Rasul dengan menggunakan akal pikiran sesuai dengan jiwa ajaran Islam, dengan bekerja keras untuk terlaksananya ajaran-ajaran Islam yang meliputi aqidah, ibadah, akhlaq, dan mua’malat duniawiyah dalam kehidupan.

Muhammadiyah mengajak segenap lapisan bangsa Indonesia yang telah mendapat karunia Allah berupa tanah air yang mempunyai sumber-sumber kekayaan, kemerdekaan bangsa dan negara Republik Indonesia yang berdasarkan Pancasila dan UUD 1945, untuk berusaha bersama-sama menjadikan suatu negara yang adil dan makmur dan diridloi Allah SWT, “Baldatun Thayyibatun Wa Rabbun Ghafur”.

Dengan demikian, misi utama kelahiran dan perjuangan Muhammadiyah ialah mendakwahkan Islam yang paripurna berdasarkan sumbernya yang murni (Al-Quran dan As-Sunnah) dan dengan mengembangkan ijtihad dalam kehidupan umat manusia sehingga menjadi “rahmatan lil ‘alamin”.

KH. Ahmad Dahlan memimpin Muhammadiyah dari tahun 1912 hingga tahun 1922 dimana saat itu masih menggunakan sistem permusyawaratan rapat tahunan. Pada rapat tahun ke-11, Pemimpin Muhammadiyah dipegang oleh KH Ibrahim yang kemudian memimpin Muhammadiyah hingga tahun 1934. Rapat Tahunan itu sendiri kemudian berubah menjadi Konggres Tahunan pada tahun 1926 yang dikemudian hari berubah menjadi Muktamar tiga tahunan dan akhirnya seperti saat ini menjadi Muktamar 5 tahunan.

Perkembangan teknologi informasi yang terjadi mendorong terjadinya perubahan pada pola kehidupan dan budaya kerja manusia dalam menjalankan aktivitasnya. Oleh karena itu untuk dapat beradaptasi terhadap perkembangan teknologi informasi diperlukan adanya perguruan tinggi Muhamamdiyah di DKI Jakarta yang mampu melakukan fungsi Pendidikan tinggi di bidang teknologi informasi.

Pada saat berdirinya, lembaga pendidikan tinggi ini bernama Sekolah Tinggi Manajemen Ilmu Komputer (STMIK) Muhammadiyah Jakarta (STMIK-MJ) yang didasarkan atas pemikiran diatas berdiri pada tanggal 10 November 1992 sebagai perwujudan rapat panitia pendiri yang dibentuk oleh Pimpinan Wilayah Muhammadiyah (PWM) DKI Jakarta pada tangga 4 September 1992 yang selanjutnya dikukuhkan dengan diterbitkannya Surat Keputusan PWM DKI Jakarta Nomor I.A/SK/1149/1992 tertanggal 10 November 1992.

Setelah berproses atas pendirian kampus ini, diterbitkanlah Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 152/D/O/1995, Tentang Pemberian Status Terdaftar Kepada Jurusan Manajemen Informatika Program Studi Manajemen Informatika Untuk Jenjang Program S1 Di Lingkungan Sekolah Tinggi Manajemen Informatika Dan Komputer Muhammadiyah Di Jakarta, tertanggal 5 Juni 1995. Maka STMIK Muhammadiyah Jakarta telah sah melaksanakan Pendidikan tinggi di DKI Jakarta.

Kemudian di tahun 1996, STMIK Muhammadiyah Jakarta mendapatkan ijin penyelenggaraan Program Studi Teknik Informatika, dengan diterbitkannya Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 99/Dikti/Kep/1996, Tentang Pemberian Status Terdaftar Kepada Jurusan Teknik Informatika Program Studi Teknik Informatika Di Lingkungan Sekolah Tinggi Manajemen Informatika Dan Komputer Muhammadiyah Jakarta Di Jakarta, tertanggal 21 April 1996

Dalam perjalanannya kepemimpinan STMIK Muhammadiyah Jakarta diamanahkan kepada :

1. Dr. Abuzar Asra, M.Sc., menjabat sebagai Ketua STMIK Muhammadiyah Jakarta pada periode 1993 hingga 1997;

2. Drs. Abdurrahman, S.E., DPT., menjabat sebagai Ketua STMIK Muhammadiyah Jakarta pada periode 1997 hingga 2001;

3. Ir. Muhammad Givi Efgivia, M.Kom., menjabat sebagai Ketua STMIK Muhammadiyah Jakarta pada periode 2001 hingga 2009;

4. Faiz Rafdhi, S.Kom., M.Kom., menjabat sebagai Ketua STMIK Muhammadiyah Jakarta pada periode 2011 hingga 2022.

Berubah bentuk menjadi Universitas Saintek Muhammadiyah

Transformasi menjadi universitas merupakan strategi pengembangan kampus yang dipilih Pimpinan STMIK Muhammadiyah Jakarta dengan empat pertimbangan, yaitu pertama, di wilayah DKI Jakarta nama Sekolah Tinggi dan Akademi tidak lagi “marketable” seperti awal tahun 1990-an ketika STMIK Muhammadiyah Jakarta didirikan. Kedua, belum ada Perguruan Tinggi Muhammadiyah/ Aisyiyah (PTMA) berbentuk universitas di Indonesia yang fokus pada bidang teknologi informasi dan rekayasa digital, mayoritas PTMA memfokuskan diri pada bidang pemikiran, seperti pendidikan, agama, ekonomi, hukum, sosial dan politik, sebagaimana diungkapkan Azyumardi Azra di hadapan Pimpinan STMIK Muhammadiyah Jakarta. Ketiga, secara lebih luas, PTMA dimaksud belum dimiliki organisasi keagamaan Islam yang kurikulumnya didesain dengan mengintegrasi-interkoneksikan interdisiplin. Meskipun, spirit dasar pengelolaan perguruan tinggi berbasis agama, namun tata kelola menggunakan prinsip-prinsip keterbukaan (inklusif), good university governance, dan humanis. Keempat, dipilihnya bergabung dengan Akbid Jayakarta Sehat merupakan langkah taktis mengikuti program Pemerintah khususnya Kementerian Pendidikan dan Budaya, Riset dan Teknologi RI. yang memberikan insentif bagi perguruan tinggi yang melakukan penggabungan atau penyatuan perguruan tingginya (Akselerasi Program Penggabungan atau Penyatuan Perguruan Tinggi Swasta Gelombang I Tahun 2021).

Setelah melalui beberapa proses panjang, akhirnya STMIK Muhammadiyah Jakarta menemukan mitra Perguruan Tinggi Swasta yang memiliki pandangan sama untuk berubah bentuk, yaitu Akademi Kebidanan Jayakarta Sehat (berdiri berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional RI., Nomor 194/D/O/2008, tentang Pemberian Ijin Penyelenggaraan Program Studi Kebidanan (DIII) Dan Pendirian Akademi Kebidanan Jayakarta Sehat Di Jakarta Diselenggarakan Oleh Yayasan Jayakarta Sehat Jakarta Di Jakarta, tertanggal 9 September 2008), yang beralamat sama di Kelapa Dua Wetan, Ciracas, Jakarta Timur. Dengan adanya kesamaan visi dan tujuan untuk berkembang antara STMIK Muhammadiyah Jakarta dan Akademi Kebidanan Jayakarta Sehat bermaksud untuk melakukan perubahan bentuk perguruan tinggi dengan penggabungan 2 (dua) Perguruan Tinggi tersebut menjadi Universitas Saintek Muhammadiyah, pada tanggal 29 Juni 2021. Tujuan penggabungan ini adalah untuk meningkatkan efisiensi dan efektifitas pengelolaan dan meningkatkan mutu serta kesehatan perguruan tinggi Muhammadiyah di DKI Jakarta.

Melalui forum-forum di internal Persyarikan Muhammadiyah dan eksternal, diantaranya dengan PWM DKI Jakarta dan Majelis Majelis Pendidikan Tinggi Penelitian dan Pengembangan (Diktilitbang) PP Muhammadiyah maka diputuskan/ direkomendasikan STMIK Muhammadiyah Jakarta berubah bentuk menjadi Universitas, berdasarkan:

1. Berita acara rapat senat STMIK Muhammadiyah Jakarta tanggal 25 Mei 2021;

2. Rekomendasi PWM DKI Jakarta, nomor 012/II.0/REK/2022, tertanggal 17 Februari 2022;

3. Surat Majelis Diktilitbang PP Muhammadiyah, nomor 0295/REK/I.3/D/2022, perihal Persetujuan dan Rekomendasi, tertanggal 18 Februari 2022; dan

4. Surat LLDikti Wilayah III, Nomor 7761/LL3/KL.00.00/2021, perihal Rekomendasi Penggabungan STMIK Muhammadiyah Jakarta dengan Akbid Jayakarta Sehat menjadi Universitas Saintek Muhammadiyah, tertanggal 28 Desember 2021.

Pada akhirnya di pertengahan tahun 2022, STMIK Muhammadiyah Jakarta berubah bentuk menjadi Universitas Saintek Muhammadiyah, berdasarkan Surat Keputusan Mendikbudristek RI Nomor 384/E/O/2022, tentang Izin Penggabungan Akademi Kebidanan Jayakarta Sehat Di Jakarta Dan Sekolah Tinggi Manajemen Informatika Dan Komputer Muhammadiyah Di Jakarta Menjadi Universitas Saintek Muhammadiyah Di Jakarta Yang Diselenggarakan Oleh Persyarikatan Muhammadiyah, tertanggal 7 Juni 2022, dimana surat keputusan tersebut diserah terimakan pada tanggal 21 Juni 2022 di Kantor LLDikti Wilayah III.

Melalui Penggabungan STMIK Muhammadiyah Jakarta dan Akademi Kebidanan Jayakarta Sehat menjadi Universitas Saintek Muhammadiyah diharapkan mampu untuk meningkatkan, memperkokoh, mengembangkan akses, mutu, pemerataan, dan relevansi dengan perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi dalam penyelenggaraan Perguruan Tinggi Swasta yang diselenggarakan oleh persyarikatan Muhammadiyah.

Universitas Saintek Muhammadiyah memiliki motto “unggul, sinergi dan madani” untuk menjadi PTMA yang “unggul” dalam input, process, output, outcome; “sinergi” dalam kolaborasi atau kerjasama dengan berbagai pihak sebagaimana spirit Kepribadian Muhammadiyah, yaitu Beramal dan berjuang untuk perdamaian dan kesejahteraan; Kerja sama dengan golongan Islam manapun juga dalam usaha menyiarkan dan mengamalkan agama Islam serta membela kepentingannya; dan Membantu pemerintah serta bekerja sama dengan golongan lain dalam memelihara dan membangun negara untuk mencapai masyarakat adil dan makmur. Serta “madani” dalam berkemajuan dan berkeadaban, dalam rangka mewujudkan spirit “Saintekmu  dari Muhammadiyah untuk Bangsa dan Kemanusiaan”.

Diawal kepemimpinan Universitas Saintek Muhammadiyah, dipimpin oleh :

1. Dr. Faiz Rafdhi, S.Kom., M.Kom. sebagai Rektor;

2. Imam Suprapta, S.E., M.M., sebagai Wakil Rektor I;

3. Mochammad Arief Sutisna, S.Kom., M.Kom., sebagai Wakil Rektor II; dan

4. Himawan Dwiatmodjo, S.H., LL.M., sebagai Wakil Rektor III.